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20/12/23 02:06
잘 읽었습니다. 감사합니다.
마지막 문장에 ORF8에 대한 서술을 약간 바꾸면 더 정확할 것 같습니다. Drosten notes that the new mutant also carries a deletion in another viral gene, ORF8, that previous studies suggest might reduce the virus’ ability to spread. 새로운 변종에서는 ORF8이라 불리는 다른 (바이러스) 유전자에서의 결실도 있는데, 드로스텐은 이전의 연구에 따르면 이 결실이 바이러스의 확산력을 저하시킬 가능성이 있다는 점을 짚었다.
20/12/23 03:02
그 부분이 애매해서 좀 검색을 해 보았는데, [새로운 변종 유전자에는 다른 종 유전자에서는 결실된/제거된/삭제된 ORF8 단백질이 있다, 이전 연구에서 ORF8이 있으면 바이러스의 확산력이 (조금) 떨어진다는 사실이 확인되었다]로, 즉 제가 번역한 대로 이해하는 것이 맞는것 같습니다. 제가 오해했을 수도 있으니, 전문적인 식견을 가진 분이 권위있는 해석을 해주시기를 기대하고 있습니다.
20/12/23 05:04
의학 이전에 생화학 학사학위가 있긴 한데 저도 이걸 감히 "전문적인 식견" 이라 칭할 수는 없네요.
그래도 아는 범위 내에서 시도는 해볼 수 있겠...죠? 결실(deletion)은 몇몇 뉴클레오타이드(nt) 단위에서부터 염색체 일부까지, 어찌되었건 유전자 정보가 사라지는 경우를 말합니다. nt 몇 개의 결손만으로도 최종적인 아미노산 서열이 바뀌는 경우가 많습니다. 왜냐면 3의 배수로 결손이 일어나지 않는 이상 reading frame이 틀어지는 건 (frameshift) 기정사실이기 때문입니다. 긴 염기서열을 3개씩 끊어서 (codon) 읽는데, 중간에 염기서열 한 개만 빼게 되면 그 뒤의 내용 해석이 완전히 바뀌게 된다는 걸 생각하시면 될 것 같습니다. 완벽한 비유는 절대 아니지만 OMR 답안지를 밀려쓴다고 생각해도 되고요. 변화의 정도도 커서 단백질이 기존보다 짧아질 수도, 길어질 수도 있어요. 결손 이후로 아미노산 서열이 완전히 달라지면서 말이죠. 그러다보니 유전자 발현이 상실되는 (loss of expression) 경우가 많아서 deletion = 유전자 기능 상실 이라고 생각할 수도 있지만, 운 좋게도 (?) 단백질 구조나 기능에 큰 영향을 주지 않는 부분에 3nt씩 없어진다거나 하면 기능엔 별반 차이가 없을 수도 있죠. 따라서 deletion이 반드시 loss of expression으로 이어진다는 법칙이 성립되지 않기에 둘은 구분되는 개념입니다. 덕분에 오랜만에 관련 논문 몇 개 읽었네요. 흥미로웠던 것들 몇 개 있다면... https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7577707/ ORF8에 대한 고찰입니다. 결손에 대해선 1nt, 6nt, 382nt 결손(??!! ORF8의 길이는 366nt입니다. 상류에 위치한 ORF7b의 끝부분까지 날아갔습니다.) 등의 케이스를 설명합니다. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.11.987222v1 382nt 결손 변종에 대한 보고입니다. https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563 본문에서 소개된 B.1.1.7에 대한 보고입니다. ORF8에서의 변이 중 결손은 없지만, 27번 글루타민이 넌센스 돌연변이를 일으켰다는 게 제일 큽니다. 121개 아미노산 중 26번 아미노산에서 끊기게 되는 변이입니다. sciencemag 기사에서 ORF8 결실을 이야기한 것은 이 넌센스 돌연변이와 혼동이 있던 것이 아닌가 조심스레 생각해봅니다. 당장 해당 보고에서 없습니다.
20/12/23 07:44
제가 유전자 결실이란 것에 대해 전적으로 무지해서 오독을 했네요. 다음과 같이 다소간 풀고 덧붙이는 식으로 수정했습니다:
"드로스텐은 새로운 변이체는 또한 또다른 바이러스 유전자인 ORF8에서의 하나의 결실을 수반하는데, 초기 변종에서의 이 결실에 대한 연구는 이 결실이 바이러스의 확산력을 저하시킬 수도 있음을 시사한다고 지적한다." 그런데 "ORF8에서의 변이 중 결실은 없지만"이라고 말씀하신 것과 달리 있다는 것 같습니다. 우선 사이언스 매거진에서 인용한 바이러스 학자 드로스텐이 그리 주장하고 (사이언스 매거진이 드로스텐의 주장을 잘못 전달했을 것 같지는 않습니다), 제가 달리 찾아본 글에도 다음과 같은 대목이 있습니다. 드로스텐의 주장보더 더 강한 주장입니다. ORF8에서의 결실이 아니라 ORF8가 완전히 제거되는 수준의 결실이 있다고 하니까요. https://arstechnica.com/science/2020/12/what-we-know-about-the-new-sars-strain-thats-shutting-down-the-uk/ Another mutation found in B.1.1.7 eliminates a viral protein (called ORF8) entirely. A different mutation that damages this gene was found in Singapore earlier in the year, and it seems to cause less severe symptoms among those infected. But due to Singapore's successful control of the pandemic, there are no longer any active infections with that strain, so we have no further data there.
20/12/23 08:28
유전자 orf8과 거기에서 번역되는 단백질 ORF8은 다릅니다. 우스타님이 잘 설명해 주셨는데, 전체 366개 염기 크기의 유전자 orf8에 저장된 유전 정보로 121개 아미노산으로 된 단백질 ORF8이 만들어집니다.
그런데 그 orf8의 구성하는 366개 염기 중 79번째 염기가 C(시토신)에서 T(티민)으로 바뀐 것이 해당 돌연변이입니다(point mutation). 이렇게 바뀌어도 유전자 orf8은 그대로 유전자 orf8이라고 부를 수 있습니다. 염기서열 하나가 바뀐 거니까요. 그런데 이 79번째 염기는 원래 ORF8 단백질, 즉 전체 121개 아미노산 길이의 단백질 중 27번째 아미노산을 만드는 부분입니다. 그런데 이 돌연변이로 인해 아미노산을 만들지 않고 단백질 생산을 여기서 끊으라는 신호로 바뀌어 버렸습니다. (stop codon을 만드는 돌연변이 = 넌센스 돌연변이) 즉 이 돌연변이가 있어도 유전자는 남아 있지만, ORF8 단백질은 121개 길이에서, 26개 짜리 아무런 역할도 하지 못하는 단백질이 되어 버립니다. 이건 더 이상 ORF8 단백질이라고 부르기도 힘들고 eliminated 되었다고 할 수 있겠죠. 사실 단순한 용어 문제라서 기사에서 전혀 중요하지 않은 부분입니다! 보통 deletion of gene이라고 하면 이런 식의 point mutation을 말하는 게 아니라, genome 상 해당 유전자를 이루는 염기가 통째로 날아가거나 하는 경우를 말하는 거라서요.
20/12/23 03:13
그런데 이 변종에도 지금 코비드-19 상용백신들은 효과가 있을까요?
만약 있다면 예전 코로나바이러스 유행때는 사스 떄는 빨리 끝나서 백신이 없고 메르스때는 돈이 안되서 안만들어졌다곤 하던데 이번엔 확실히 전세계적인 판데믹이라 급하게 백신이 생산된거 같은데 코로나 바이러스가 rna로 전달되는 바이러스라서 잡기가 힘들었는데 이번 신형 백신들 2개가 RNA백신이잖아요? 그럼 혹시 나중에도 코로나바이러스의 변종이 나와도 지금 백신이 먹힐 가능성이 있을테니 제발 다 됬으면 좋겠네요... 코로나란 질병에서 완전히 벗어나고 싶습니다
20/12/23 06:28
제가 내용을 좀 다듬어 보려 합니다.
There have been changes to the spike protein - this is the key the virus uses to unlock the doorway to our body's cells. 바이러스가 세포내로 진입하는데 있어서 중요한 역할을 하는 스파이크 단백질에 변이가 있다. (변화라 표현할수도 있지만, 생물학적인 표현에서는 보통 변이라고 말합니다) One mutation called N501Y alters the most important part of the spike, known as the "receptor-binding domain". This is where the spike makes first contact with the surface of our body's cells. 그 변이중의 하나인 N501Y(주. 코로나 바이러스 스파이크 단백질내 501번째 아미노산인 아스파라긴(N)이 타이로신(Y)로 치환된 부분)는 리셉터-바인딩 도메인(주. 바이러스와 세포간의 상호작용하는 부분)이며 체세포의 첫 접촉을 하는 스파이크 단백질의 중요부분을 변화시켰다. The other mutation - a H69/V70 deletion, in which a small part of the spike is removed - has emerged several times before, including famously in infected mink. 스파이크 단백질내 69번째 히스티딘과 70번째 발린이 없어진 또 다른 돌연변이(결실 돌연변이)는 단백질의 작은 부분을 없어지게 하였고, 이 변이는 밍크를 포함하여 여러번 나타났었다. Drosten notes that the new mutant also carries a deletion in another viral gene, ORF8, that previous studies suggest might reduce the virus’ ability to spread. 드로스텐은 확산중인 새로운 변종 바이러스가 이전 연구에서 바이러스의 확산을 저하할수 있다고 생각하는 ORF8 (주. 이 Open Reading Frame에서 아직까지 확인된 단백질이 없으므로 그냥 ORF8 이라 불립니다)내의 결실 돌연변이를 가지고 있슴을 주목하였다. (주. 아마 이전 연구에서 이 ORF8의 변이가 감염력을 낮추는 것으로 나왔었나 봅니다). 이제부터는 제가 생각하는 바이러스 변종과 감염력관의 상관관계입니다. 이 바이러스는 single strand RNA genome을 가지고 있고, 이 바이러스 지놈은 pool 이 클수록 (즉, 많은 사람들이 감염될수록) 활발한 변이가 일어납니다. 그중에 환자를 죽음으로 몰아가는 바이러스의 유전형은 결국 열성이 되어 도태될것이고, 상대적으로 높은 감염력과 낮은 치사율을 가진 유전형이 우성이 될것입니다. 또한 이러한 변이발생 빈도는 바이러스가 세포와 접촉하는 리셉터 바인딩 도메인 프로테인에 상대적으로 집중될것입니다. 왜냐면, 이 곳의 변이는 바이러스의 생존에 관여하는 Structural genes (RNA Pol, Capside, etc.)의 변이에 비하여 마이너하지만, 바이러스의 감염에 큰 영향을 끼치는 것이지요. 이 리셉터 바인딩 도메인을 가지고 있는 스파이크 단백질에서 변이는 항상 만들어지고 있으며, 그중에서 가장 생존력 높은 바이러스 개체들이 selection 되어서 지역별로 유행할거라 생각합니다. 하지만, 궁국적으로 바이러스의 치사율은 낮아지는 방향으로 진화할것이기에, 가까운 미래엔 면역체계에 의해 바이러스의 감염은 막아질것이라 생각합니다. (대유행의 종말).
20/12/23 07:48
2번은 아래 웹페이지에 전문번역되어 있네요:
https://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=news&id=325715
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